令和7年4月1日付けの組織改正で、以下組織の構成を変更しました。

伊那出張所と三峰川砂防出張所を統合して「伊那流域治水出張所」を設置しました。
・庁舎は、伊那出張所を使用します。
・三峰川砂防出張所で行っておりました業務は、当面の間、三峰川庁舎でも継続します。

駒ケ根出張所と飯島砂防出張所を統合して「伊南流域治水出張所」を設置しました。
・庁舎は、飯島砂防出張所を使用します。
・駒ケ根出張所で行っておりました業務は、当面の間、駒ケ根庁舎でも継続します。

天竜川は、諏訪湖を源とし中央・南アルプスの間を南下し、静岡県を流下し太平洋に注ぐ、流域面積5,090km2、幹川延長213kmの我が国屈指の急流河川であり、 脆弱な地層、急峻な地形と相まって、洪水や土砂災害といった幾多の災害を引き起こしてきた。
天竜川上流河川事務所の前身として、昭和12年に内務省直轄の名古屋土木出張所小渋川砂防工 場が設置され、本格的な砂防工事に着手した。昭和22年には小渋川砂防を引き継ぎ、内務省関東 土木出張所天竜川工事事務所が発足した。その後、幾たびかの名称変更を経て、昭和28年４月１ 日に建設省中部地方建設局天竜川上流工事事務所と名称を変更、また平成13年１月６日、中央省 庁の再編が行われ、国土交通省中部地方整備局天竜川上流工事事務所に改組された。平成15年４ 月１日より天竜川上流河川事務所に名称が変更され、管内に７つの出張所（河川３出張所、砂防 ４出張所）を配置し、天竜川上流域の河川、砂防にかかわる工事、管理、調査等を実施している。

年月日 名称 所在地 主なできごと 昭和 12年6月1日 内務省 名古屋土木出張所 小渋川砂防工場 　 　 　 　 　 ・昭和20年10月の大洪水を契機として事務所設立 ・小渋川砂防を内務省名古屋土木出張所から引き継ぐ 22年6月1日 内務省 関東土木出張所 天竜川工事事務所 飯田市大通り 　 22年11月1日 　 上伊那郡 赤穂町 　 23年1月1日 建設院関東地方建設局 天竜川工事事務所 石川町に移る 　 23年7月10日 建設省関東地方建設局 天竜川改修工事事務所 　 　 23年9月1日 　 上伊那郡 赤穂町 共楽園 　 24年1月1日 建設省関東地方建設局 天竜川工事事務所 　 　 　 　 　 ・25年6月　大洪水 ・26年7月　三峰川砂防着手 ・26年5月〜39年3月 国道19号線の改修、その後木曽国道に移管 ・27年4月〜28年7月 美和ダム調査、その後美和ダム調査事務所に移管 28年4月1日 建設省中部地方建設局 天竜川上流工事事務所 　 　 　 　 　 ・32年　大洪水 ・34年8月　大洪水 ・34年　片桐松川　砂防着手 ・35年4月〜36年3月　小渋ダム調査 （その後、小渋ダムに移管） ・伊那谷梅雨前線による集中豪雨により未曽有の大洪水 →この災害を契機に太田切川、中田切川、与田切川さらに藤沢川、山室川、新宮川の砂防着手 37年12月22日 駒ヶ根市赤穂北下り 2485番地 　 　 　 　 　 ・39年河川法改正（39.7.10公布、40.4.1施工） 40年3月29日 　 　 ・直轄河川管理事業に着手 40年4月1日 　 　 ・工事実施基本計画策定 ・本川：姑射橋〜毛見橋間直轄区域（54.6km）に編入 ・小渋川：本川合流点〜上流へ3.06km間直轄区域に入 ・三峰川：本川合流点〜上流へ10.82km間直轄区域に編入 41年4月1日 建設省中部地方建設局 天竜工事事務所 　 　 　 　 　 ・41年4月〜42年6月 国道153号線の改修、その後飯田国道に移管 41年6月 建設省中部地方建設局 天竜川上流工事事務所 　 　 43年4月8日 　 　 ・太田切川：本川合流点〜上流へ2.1km間直轄区域に編入 　 　 　 ・45年6月　大洪水 46年3月20日 　 　 ・本川：毛見橋〜天竜橋間直轄区域に編入（6.2km） 48年4月1日 　 　 ・工事実施基本計画の改定 ・戸草ダム予備調査に着手 50年1月20日 　 庁舎改築する 　 50年1月20日 　 　 ・中央自動車道中津川〜駒ヶ根開通 51年5月10日 　 　 ・本川：姑射橋〜平岡ダム間直轄区域に編入（24.5km） 51年9月18日 　 　 ・中央自動車道駒ヶ根〜伊北開通 52年4月18日 　 　 ・本川天竜橋〜昭和橋間直轄区域に編入（14.1km） 53年4月5日 　 　 ・横川川：本川合流点〜上流へ0.18km間直轄区域に編入 53年4月6日 　 　 ・遠山川の砂防着手 54年10月20日 　 　 ・釜口水門着手 57年4月1日 　 　 ・伊北改修着手 57年4月8日 　 　 ・本川：平岡ダム〜県境間直轄区域に編入（11.22km） 58年9月28日 　 　 ・台風10号による集中豪雨により、戦後最大の大洪水 59年4月1日 　 　 ・開発調査課の新設（戸草ダム実施計画調査着手） この災害を契機に伊北地区緊急暫定改修に着手 60年3月21日 　 　 ・川路、龍江、竜丘地区基本協定を締結 62年4月1日 　 　 ・下久堅地区特岸事業着手 ・美和ダム実施計画調査着手 （予備調査は、天竜川ダム統合管理事務所により56年度に着手） 63年4月1日 　 　 ・工事実施基本計画の部分改定 ・三峰川統合開発工事事務所の新設 （戸草ダム建設事業、美和ダム再開発事業着手） ・入谷、此田の地滑り対策事業着手 平成 元年3月30日 　 　 ・ＮＴＴ−Ａ型事業として、弁天護岸完成 2年3月6日 　 　 ・河川環境管理基本計画 ・河川空間管理計画の策定 2年4月1日 　 　 ・伊北II期改修着手 4年2月14日 　 　 ・川路，龍江，竜丘地区治水対策事業に着手 8年5月10日 　 　 ・三日町頭首工改築事業（特構）に着手 8年5月10日 　 　 ・天竜川河川浄化事業に着手 9年6月 　 　 ・9年河川法改正 9年6月20日 　 　 ・天竜川上流工事事務所設置50周年記念式典 10年 　 　 ・三峰川みらい計画策定 11年 　 　 ・外来種対策着手 11年6月30日 　 　 ・11年6月大洪水 12年 　 　 ・三日町頭首工完成 13年1月6日 国土交通省 中部地方整備局 天竜川上流工事事務所 　 　 14年 　 　 ・天竜川みらい計画策定 14年3月31日 　 　 ・天竜川上流川路・龍江・竜丘地区治水対策事業完成 14年7月7日 　 　 ・天竜川総合学習館「かわらんべ」がオープン 14年11月15日 　 　 ・砂防情報センターがオープン 15年4月1日 国土交通省 中部地方整備局 天竜川上流河川事務所 　 　 17年 　 　 ・自然再生事業着手 18年 　 　 ・７月に豪雨災害により北島地先の堤防決壊 ・１０月激甚災害対策特別緊急事業（激特事業）採択 19年 　 　 ・激特事業着手 ・直轄砂防事業７０周年、事務所設立６０周年 20年 　 　 ・２月事務所鉄塔移設 22年10月25日 　 　 ・36災害実行委員会設立 　事務局を天竜川上流河川事務所に置く 23年 　 　 ・三六災害から５０年 23年6月 　 　 ・激特事業完了 令和6年4月 　 伊那市長谷溝口1527 ・組織改正（長谷分室設置） 令和7年4月 　 　 ・組織改正（長谷分室に開発調査課設置） ・組織改正（伊那出張所と三峰川砂防出張所を伊北流域治水出張所に統合 ・組織改正（駒ケ根出張所と飯島砂防出張所を伊南流域治水出張所に統合