伊勢湾は、太陽の光が届く浅い海域が広く、砂浜、干潟、岩場や、栄養塩類を含む陸域からの淡水と海水が混ざり合う汽水域等、多様な自然環境が形成され、そこに多種多様な生物が生息・生育し、多様な生態系が形成されてきた海域です。しかし、干潟、浅場、藻場のような良好な生物の生息・生育空間が沿岸域の開発等により減少しています。
伊勢湾での干潟の分布面積は1945年（昭和20年）頃には約5,600ha存在していました、1970年（昭和45年）頃までの約25年間で急速に減少し、近年では1945年頃と比べ2分の1程度にまで減少しました。
また、1955年（昭和30年）頃の海草藻場（アマモ）は、約18,200ha分布していましたが、1970年（昭和45年）頃には、約670haとなっており、15年間で約27分の1程度にまで減少しました。