オイカワは川の中・下流域に生息し、成魚になると15cmほどになる。多少の川の汚れには強く、庄内川では河口部を除く全域に多数生息しており、よく見られる。

カワヨシノボリは川の上・中流域の礫底に生息している。全長6～7cm。庄内川でも上・中流域に生息している。

ヨシ原ともいい、自然のヨシ原は氾濫原や河口部で発達する。ヨシ原を通る水は、ヨシの根系とそこに棲む微生物が汚水を栄養として使うことで浄化される。庄内川では河口部に発達している。

ヤシャゼンマイは渓流沿いに生育する多年草。増水時に水につかる河床の岩の上や隙間などに生育する。庄内川では愛知、岐阜の県境に位置する渓谷区間に点在している。

カワウは留鳥であり、1年間いつでも見られる。庄内川ではほぼ全域で見られ、各所にねぐらを持つ。特に河口部では群れで1年を通して確認された。

キジバトは日本国内で繁殖する留鳥であり、1年間、国内の多くの場所で見られる。庄内川でも1年を通してほぼ全域で確認されている。