庄内川は昔、土岐川、玉野川、勝川、枇杷島川、番場川、一色川などと、その沿川の地名で呼ばれており、一貫した呼び名はありませんでした。江戸時代に山田庄（現在の名古屋市北区・西区）あたりでは、庄の内を流れる川ということで、庄内川と呼ばれるようになったと考えられます。明治に至って、各地の異なった名称を統一して庄内川といったものと思われます。岐阜県内では今も土岐川と呼ばれています。