平成19年度には庄内川本川の中流域での魚類調査・魚道調査を実施しています。
調査の結果、堰を越えるたびに回遊魚(アユ、ウナギ、カマキリ等）が少なくなっていくのがわかります。図1
魚道の遡上調査では、小田井床止にて約400匹/日の遡上が確認されました。
しかし上流の魚道では、ほとんど確認されませんでした。(カワヨシノボリ等は除く）
また山西堰については魚道で水涸れが起きており回遊魚の移動から考えても堰の適正管理が必要といえます。

採取種別に占める各魚種の割合　図1

定置網に入ったアユと定置網の状況（小田井）