安倍川水系にて、現地調査により確認された鳥類は17目41科91種、6,253個体であった。

＜場所ごとの確認種＞
安倍川下流域では、コアジサシ、ムクドリ、カワラバトなどが出現している。河口付近は海岸や海上を生息場所とするウミネコやオオミズナギドリが確認されているほか、ウ類やサギ類、トビ、ミサゴ、コアジサシが通年採餌場所として利用しており、越冬期にはカモ類が越冬場所として利用している。
安倍川の中上流域においては、スズメやツバメ、カワセミやカワガラスなどの出現も確認されている。

＜重要種＞
ゾゴイ、ゴイサギ、ササゴイ、アオバズク、アカショウビン、アリスイ、ハヤブサ、サンショウクイなどを含む8目12科17種が確認された。

現地調査により確認された魚種は36種であり、確認された個体数は2,554個体である。今回確認された魚種の生活型は、淡水魚が16種、回遊魚が14種、汽水・海水魚が6種であり、淡水魚はコイ科の種が、回遊魚はハゼ科の種が多く、また、汽水・海水魚は河口付近のみ確認された。

＜場所ごとの確認種＞
安倍川河口付近では、回遊魚のウグイ、アユ、ヌマチチブなどが確認され、汽水・海水魚のボラや淡水魚のオイカワについても多く確認されている。
安倍川中流域では、淡水魚のオイカワ、タカハヤ、ニシシマドジョウ、回遊魚のウグイ、アユ、ヌマチチブ、シマヨシノボリなどが多く確認された。
安倍川上流域では、淡水魚のオイカワ、タカハヤ、ニシシマドジョウ、回遊魚のウグイ、アユ、オオヨシノボリなどが確認された。

＜重要種＞
全部で12種類の重要種が確認された。うちニホンウナギ、ミナミメダカ、カワアナゴ、オカメハゼ、シロウオ、ヒナハゼの6種は河口付近においてのみ、ウツセミカジカ（降海回遊型）は藁科川においてのみ確認された、ニシジマドジョウは全調査地点で確認された。

現地調査において、17 目187 科921 種の陸上昆虫類等が確認された。
ハラビロトンボやオオハサミムシ、ハイイロゲンゴロウ等の水辺や 河原を利用する種や、トノサマバッタやベニシジミ、アオメアブ等の草地に生息する種、コクワガタやカブトムシ、オオスズメバチ等の樹林に生息する種が多く確認された。

＜場所ごとの確認種＞
大井川河口付近では、オオハサミムシやハマスズ、エリザハンミョウ等の水際の砂地や礫河原に生息する種が確認された。
大井川中流域では、オオハサミムシやノグチアオゴミムシ、ヨツモンミズギワコメツキ等の水際の砂地や礫河原に生息する種が確認されたほか、ツマグロキチョウやツチイナゴ、キムネクマバチ等が確認された。
大井川上流域では、カワラバッタ等の水際などに生息する種が確認されたほか、コムラサキやオニグルミノキモンカミキリ、ヤナギルリハムシ等のヤナギ類やオニグルミを植樹とする種が確認された。

＜重要種＞
カトリヤンマ、ハマスズ、コムラサキ、ヤマトアシナガバチ等を含む10種の重要種が確認された。これらは、湿地や河川敷にみられる 低茎草地、ヤナギ類等が生育する河畔林でみられる種が多かった。

大井川において多数確認された種は、両生類でツチガエル、ヌマガエル、爬虫類ではカナヘビ、哺乳類ではコウベモグラ、ノウサギ、アカネズミなどである。

＜場所ごとの確認種＞
大井川河口付近では、ニホンスッポン、ヌマガエル、ウシガエル、ヒガシニホントカゲ等が確認された。
大井川中流域では、ホンドタヌキやホンドキツネが確認されたほか、ワンド等でツチガエル、アズマヒキガエルが確認された。
大井川上流域では、流水域にてカジカガエルが確認されたほか、草地ではコウベモグラが確認され、ワンドではツチガエルなどが確認された。

＜重要種＞
両生類はアズマヒキガエル、トノサマガエル、カジカガエル、爬虫類はニホンスッポン、ヒガシニホントカゲ、哺乳類はキクガシラコウモリ、ホンシュウカヤネズミ、カモシカの計6目8科8種の重要種が確認された。