木曽三川下流部に位置する長島輪中は、たびたび洪水による水害を受けてきました。 また、工業用水、農業用水として地下水が大量に使用されたため地盤沈下が生じ、地盤はさらに低くなっており、流域を囲む堤防がなければ満潮時にはほぼ全域が海面下に没する地域です。 このため長島排水機場は、長島輪中の内水排除（洪水時の排水）を目的として設置されました。
